こんにちは！
スケルトンをプログラムで操作する方法については、Spineランタイム共通のドキュメントで解説されています。
実現したい目や口の開閉がボーンを使って行うものでしたらこちらの章を：
ランタイムスケルトン - Spineランタイムガイド: プロシージャルアニメーション
アタッチメントの切り替えによって行うものでしたらこちらの章をご覧ください：
ランタイムスケルトン - Spineランタイムガイド: アタッチメントの変更
上のドキュメントは、コード例が汎用言語で記載されていますので、spine-unityランタイムでは一部記述方法が異なる点にご注意ください。例えばアタッチメントの変更は以下のような記述になります。
skeletonAnimation.Skeleton.SetAttachment("slotName", "attachmentName");
ボーン操作のコード例はspine-unityランタイムに同梱されているシーン例Spine Examples/Getting Started/4 Object Oriented Sample内の"VIEW Spineboy"にアタッチされているサンプルスクリプトSpineboyTargetController.csで確認できます。
